Die Klostergebäude, so ein Gutachten vom November 1803, sollte man am besten abbrechen, weil sie ungünstig gelegen seien und keinen Anschluß an Wasserwege hätten. Schließlich bot man sie den Seidenfabrikanten Mayer aus Aarau an, und setzte sie so dem Verderben aus.
Der Vorgang ist symptomatisch für die Hast und den Leichtsinn, die bei der Säkularisation das Vorgehen bestimmten. Natürlich wollte man auch die Klosterkirche opfern: sie sei weder künstlerisch wertvoll noch stabil, eigne sich deshalb nur zum Abbruch oder höchstens als Fabrikhalle für die Seidenfabrikanten. So weit kam es nicht, aber das geistig-soziale Gefüge nahm schweren Schaden: seien es die Chorherren, die man wie willenlose Menschen behandelte, seien es die Untertanen, deren Existenz vernichtet oder wenigstens in Frage gestellt war, oder seien es die Bildungs-Chancen für die Jugend, die verloren gingen. Waren es im 18. Jahrhundert 30 junge Männer aus der Hofmark, die durch das Kloster zum Studium auf eine hohe Schule kamen, so weiß man im 19. Jahrhundert nur von drei Studenten aus Polling, die eine Universität besuchen konnten. Auch das ist bezeichnend.
Johannes Daisenberger, der letzte Propst von Polling, schreibt 1818, den ehemaligen Pollinger Chorherren bleibe der Trost, „daß sie wohlverdient um Kirche und Vaterland ohne eigene Schuld aus ihrem Eigentum vertrieben worden sind, unschuldige Opfer eines habsüchtigen und ungerechten Zeitalters." Die Nachwelt wird, so der Propst, ein gerechtes Urteil fällen, das traurige Los der alten Kulturträger beklagen und die „verfinsterte Aufklärung eines anmaßungsvollen Geschlechtes verdammen. Das sind deutliche Worte.